Die 1.-4.. Schuljahre nehmen gemeinsam regelmäßig am Schulgottesdienst teil. Die Themen der Gottesdienste werden von den Religionslehrerinnen und dem zuständigen Geistlichen bzw. dem Kaplan in Fachkonferenzen abgesprochen und im Religionsunterricht vorbereitet. Die Themen der Gottesdienste richten sich nach den besonderen Festzeiten bzw. -tagen der Kirche (Heilige, Vorbereitung auf die großen Feste, Kirchenjahr). Sowohl in den Gottesdiensten als auch im Religionsunterricht wird das liturgische Liedgut der Kinder gefestigt und erweitert. Die Gottesdienste werden oft als Wortgottesdienste gestaltet, wobei die Kinder mit Wortbeiträgen, aber auch durch aktives Handeln, stark einbezogen werden. Auch Eucharistiefeiern sollen ihnen die Messordnung näher bringen. Sich wiederholende Rituale (Antworten, Handlungen, Verhaltensweisen) werden regelmäßig mit den Kindern eingeübt.

Vor den "großen" kirchlichen Festen wie Ostern oder Weihnachten finden gemeinsame und durch die Kinder der Möwenschule mitgestaltete Gottesdienste statt, zu denen Eltern, Großeltern und Geschwisterkinder herzlich eingeladen sind. 

Auch die gelebte Ökumene ist ein wichtiger Bestandteil unseres Schullebens. So finden in regelmäßigen Abständen gemeinsame Gottesdienste unserer Schule mit den evangelischen Kindern der GGS Dönhoffstraße statt, bei denen wir auch die evangelische Christuskirche besuchen.